L’enseignement supérieur et la recherche représentent une part très importante de la coopération entre la France et le Maroc. Les universités de nos deux pays disposent de nombreux accords d’échanges et de formations et les étudiants marocains constituent la première communauté d’étudiants étrangers en France. Plusieurs établissements universitaires entretiennent des liens étroits avec la France comme l’INSA Euro-Méditerranéen à Fès, l’Ecole Centrale à Casablanca, l’Université Internationale de Rabat, l’ESSEC etc.

Différents programmes permettent aux étudiants de poursuivre leur formation en France mais aussi aux chercheurs de nos deux pays de collaborer et de construire ensemble des projets pour l’avenir. Les grands organismes de recherche français sont ainsi présents au Maroc, comme l’Institut de Recherche et Développement (IRD), le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (CIRAD), ou encore le CNRS, qui développe de très nombreuses coopérations avec le Centre National pour la Recherche Scientifique et Technologique (CNRST). En sciences humaines et sociales, le Centre Jacques Berque de Rabat, soutenu par le CNRS et le Ministère des Affaires étrangères et du Développement international (MAEDI), est un laboratoire d’excellence reconnu par les autorités marocaines depuis 2002.